Nel sito dove si trova oggi il castello di San Giusto si ergeva una torre di difesa che, dalle effigi su monete vescovili dell'epoca, possiamo datare a prima del 1250. Nel 1309, con la presa della città da parte dei Veneziani, la torre fu sostituita da una fortezza detta "Casa del Capitano", che però venne distrutta con la cacciata dei Veneziani. Nel 1405 Federico II d'Asburgo ordinò la costruzione di un castello, sia per tenere sotto controllo i triestini, sia per contrastare i Turchi che attaccavano sempre più spesso le coste adriatiche. I lavori però non iniziarono fino a quando i Veneziani non tornarono, anche se solo per un anno (1508), a occupare la città e a costruire il bastione rotondo e le mura perimetrali. I lavori ripresero poi con gli Austriaci solo nel 1550 e continuarono fino al 1630 quando finalmente il castello fu terminato. Il castello fu completato quando l'accresciuta potenza delle armi da fuoco rese obsolete le costruzioni medievali come lo è il castello di San Giusto. Da quel momento il castello divenne caserma e magazzino militare. Ora è sede di un museo, di un ristorante e il suo piazzale ospita eventi culturali.